El odio hacia el rey de Portugal, la carta que éste envió al descubridor garantizandole inmunidad ante la justicia y la fecha en que Colón llegó a Castilla desde Portugal, otoño-invierno de 1484, determinan que Don Cristóbal se vio involucrado en el complot para asesinar al rey de Portugal que terminó con la ejecución del duque Hernando de Braganza y el apuñalamiento del duque Diego de Viseu, en el castillo de Palmela, a manos del propio Joao II.

Acerca del bando en el que se encontraba, Colón dio innumerables pruebas: se negó a ir a descubrir para el rey de Portugal; se negó a entregar su empresa al monarca luso cuando a la vuelta del primer viaje de descubrimiento hubo de echar ancla en Lisboa para neutralizar las maniobras de Alonso Martín y Fernando el Católico; medió ante el papa Alejandro VI para que beneficiara a los Reyes Católicos en detrimento del rey de Portugal; tomó como secretario personal a Diego Mendez, hombre de confianza del conde de Penamancor, conjurado y hermano del duque de Braganza; una de las nietas de Colón, Isabela, se casó con el nieto del duque de Braganza.

Como espía Colón resulta verdaderamente raro, pues no se le conoce una sóla acción que beneficiara a Joao II de Portugal.